Es ist oft notwendig mehrere Ebenen zu einer zu verbinden. Dies ist besonders nützlich vor dem Abspeichern eines Bild in ein Nicht-GIMP-Format wie JPEG oder GIF. Es gibt zwei Möglichkeiten, Ebenen in GIMP zu verbinden. Die Methode hängt von der letztendlichen Verwendung des erzeugten Bilds ab.
Es ist möglich, eine Untermenge von Ebenen eines Bilds in eine Ebene zu mischen. Dies wird durch die Wahl von Sichtbare Ebenen vereinen im Ebenenmenu oder durch Eingabe von C-m im Bildfenster bewerkstelligt. Alternativ dazu ist es manchmal einfacher, zwei angrenzende Ebenen im Ebenenstapel zu mischen. Dies kann durch Nach unten vereinen im Ebenenmenu getan werden. Die Anwendung dieser Funktion mischt die aktive Ebene mit der nächsten unterhalb im Stapel sichtbaren Ebene. Merge Down kann einfach durch Eingabe von C-S-m im Ebenendialog aufgerufen werden. Eine gute Anwendung von Nach unten vereinen wird in Abschnitt 9.1.4 dargestellt.
Die Funktion Bild zusammenfügen im Ebenenmenu ist eine Alternative zu Sichtbare Ebenen vereinen. Diese Funktion mischt alle Ebenen, egal ob sie im Bildfenster sichtbar sind. Zusätzlich wendet Bild zusammenfügen alle Ebenenmasken auf die zugehörigen Ebenen an (mehr über Ebenenmasken in Abschnitt 4.2) und löscht die übriggebliebenen Alphawerte im Bild. Bild zusammenfügen ist die einzige Funktion in GIMP, die einen Alphakanal aus einem Bild entfernen kann. Kanalmasken werden jedoch weder angewendet noch gelöscht (siehe Abschnitt 4.1 mit mehr über Kanalmasken). Typischerweise wird ein Bild planiert um ein Bild abzuspeichern, dessen Bildformat weder Ebenen noch Durchsichtigkeit unterstützt. JPEG ist dafür ein Beispiel.